Peastaapi juhib peastaabi ülem. Peastaabi ülem annab oma ülesannete täitmiseks käskkirju, käske ning kirjalikke ja suulisi teenistusalaseid korraldusi.
Kaitseväe peastaabi koosseisu kuuluvad:
- kaitseväe juhataja administratsioon
- siseauditi osakond
- peainspektoriteenistus
- kaitseväe peastaabi ülema administratsioon
- luureosakond
- operatsioonide osakond
- logistikaosakond
- analüüsi- ja planeerimisosakond
- küberosakond
- väljaõppeosakond
- rahandus- ja eelarveosakond
- strateegilise kommunikatsiooni osakond
- välisteenistuse ja -koolituse osakond
- üldosakond
- NATO staabielemendi Eesti kontingent
