Baasõpe
Ajateenijate baasväljaõpe toimub kaitseväes ühtsetel alustel ja kestab 8 nädalat.
Erialaväljaõpe
Pioneeri erialaõppes antakse ajateenijatele esmalt pioneeriülesannete täitmiseks vajalikud baasteadmised ja oskused.
Sõdureid õpetatakse miine käsitsema, B-kategooria minööri tasemel lõhkama ja lahingdemineerima. Samuti õpitakse välikindlustamist, kasutama pioneeritehnikat, rajama tõkkeid, puitsildu ja paigaldama jooksusildu. Lisaks pioneerierialale antakse ajateenijatele ka jalaväelase ettevalmistus.
Nooremallohvitseride baas- ja erialakoolitus toimub pioneeripataljoni koosseisus olevas pioneerikoolis. Koolis antakse pioneerialast väljaõpet ka tegevväelastele.
Allüksuse väljaõpe
Allüksuseõppe käigus õpitakse ja harjutatakse tegevust jao, rühma ning kompanii koosseisus. Tehakse nii pioneeri- kui ka jalaväeteemalisi koostööharjutusi, läbi viiakse ka lahinglaskmisi käsitulirelvadest jao ja rühma koosseisus.
Ajateenistuse paari viimase kuu veedavad pioneerid peamiselt maastikul, kus harjutatakse kompanii koosseisus. Sõdurid õpivad muuhulgas hoonestatud alal erinevaid pioneeriülesandeid täitma, see kulmineerub iga-aastase pioneerikompanii linnalahinguõppusega „Vaikus enne tormi”. Teenistuse lõpus aset leidval kaitseväe suurõppusel Kevadtorm kontrollitakse ja hinnatakse rühma, kompanii ja pataljoni tasemetel kogu tegevust.
Kutseliste demineerijate väljaõpe
Pioneeripataljoni ülesanne on lisaks ajateenijate ja reservväelaste väljaõppele koolitada rahvusvaheliste missioonide jaoks elukutselistest kaitseväelastest demineerijaid. Kaitseväe demineerijad teenivad pioneeripataljoni juurde kuuluva Kaitseväe Demineerimiskeskuse (KVDK) koosseisus.
KVDK üksuses valmistatakse demineerijad ette nii välisoperatsioonideks kui ka tegutsemiseks kodumaal. Kursustel omandatud teadmised ja oskused tagavad võimekuse demineerimisülesandeid meeskonna tasemel täita. Kursuste põhiteemad on demineerimise alused, demineerimisvahendid, lõhkekehad, käivitid, lõhketööd ja erinevate lõhkekehade hävitamine. Lisaks läbitakse taktikaõpe ja situatsiooniõpe, toimuvad lahinglaskmised ja kontrollharjutused.
