Meditsiiniteenistus vastutab personali erialase ja sõjalise ettevalmistamise eest tegevuseks kriisides ja sõja ajal. Isikkoosseisu koolitatakse kõikides meditsiinikeskustes. Kaitseväe arstide, õdede ja reservtervishoiutöötajate väljaõpet plaanitakse ja korraldatakse kaitseväe akadeemia sõja- ja katastroofimeditsiinikeskuses.
Igal aastal saavad ligi 150 kaitseväelast, enamik neist ajateenijad, parameediku väljaõppe kaitseväe akadeemias. Koolituse läbinud ajateenijad võivad pärast ajateenistuse lõppu parameedikuna teenima tulla.
Kaitseväe tervishoiutöötajad osalevad ka rahvusvahelistel õppustel ja välismissioonidel, kust saab väärt kogemusi staabitööst reaalse arstiabi andmiseni.