Erioperatsioonide väejuhatuse ajalugu ulatub 2005. aastasse, kui luurepataljoni koosseisu hakati looma erioperatsioonide gruppi. Tol ajal loodud erioperatsioonide grupp tegutses väikese koosseisu ja väheste ressurssidega kuni 2008. aastani, mil sõjaline ja poliitiline juhtkond otsustas seda võimet hakata intensiivsemalt arendama.
Erioperatsioonide grupp tegutses luurepataljoni koosseisus kuni 2012. aasta lõpuni, mil Vabariigi Valitsus kinnitas seadusemuudatuse, millega loodi Kaitseväe erioperatsioonide üksus eraldiseisvana ning struktuuriliselt allub see otse Kaitseväe juhatajale. Kaitseväe erioperatsioonide üksuse loomisega tekkis sisuliselt uus juhatus, mille üheks osaks sai varem luurepataljoni all eksisteerinud EOG – erioperatsioonide grupp (SOTG – Special Operations Task Group). Eelkõige oli struktuurimuudatust vaja seetõttu, et erioperatsioonid kui strateegilise juhatuse tegevusvahend ei saa olla teise strateegilise vahendi (luure) osa. Alates 1. augustist 2014 on Kaitseväe erioperatsioonide üksuse uus nimetus erioperatsioonide väejuhatus.
Erioperatsioonide väejuhatuse jaoks oli 2. oktoober 2012 väga oluline päev. Siis annetati üksusele lipp, mida võib pidada üksuse operatsioonivõimeliseks tunnistamise märgiks. Samal päeval sõlmisid Eesti ja Ameerika Ühendriigid koostöömemorandumi Eesti eriüksuse saatmise kohta NATO operatsioonile Afganistani. Esimene kaitseväe erioperatsioonide sihtüksus (SOTU – Special Operations Unit) alustas teenistust ISAF-is Ameerika Ühendriikide alluvuses 2012. aasta lõpul. 2013. aasta suvel vahetas neid välja teine sihtüksus. Eesti eriväelased toetasid Afganistani julgeolekujõude kuni 2014. aasta lõpuni. Väejuhatuse ülesanne oli ISAF-i operatsioonil toetada Afganistani julgeolekujõudude väljaõpet.
Erioperatsioonide väejuhatus teeb aktiivselt koostööd lisaks Ameerika Ühendriikidele veel Saksamaa, Poola ja Balti riikide eriüksustega.
Erioperatsioonide väejuhatuse ülemad
alates 2019 – kol-ltn Margus Kuul
2012-2019 – kol Riho Ühtegi