Ämari lennubaasi jaoks on NATO liitlaste õhuturbe lennuüksuste ja transportlendude tagamine ööpäevaringne ülesanne. Lisaks sellele on tavapäraseks rutiiniks 1. lennueskadrilli lennuülesannete toetamine.
Erilised ajad on õppuste perioodid, mil lendude hulk ja Ämaris baseeruvate õhusõidukite arv võivad märgatavalt suureneda. Esimene lennubaasi puudutanud rahvusvaheline õppus toimus juba 1997. aastal – Baltic Challenge 97. Tänaseks on kujunenud tavapäraseks, et lisaks NATO liitlaste reaalelu operatsioonidele toimub igal aastal terve hulk õppusi ja harjutusi. Sageli tuleb lennubaasil toetada ka mitut samal ajal toimuvat õppust, milles osalevad nii NATO liitlaste kui ka Eesti enda õhusõidukid.
