Toetuse väejuhatuse logistikakool loodi tagalapataljoni koosseisu (praegune toetuse väejuhatuse logistikapataljon) 2003. aastal, eesmärgiga arendada Eestis sõjaväelogistikute koolitust. Kooli asutamise eestvedaja oli tollane Kaitsejõudude peastaabi logistikaosakonna ülem major Raivo Tamm. Alguses piirduti nooremallohvitseride koolitamisega, kuid juba mõne aasta pärast koolitusvajadused ja ambitsioonid suurenesid. Nimelt oli selleks ajaks Kaitseväe käsutuses juba piisav hulk erialaste teadmistega sõjaväelogistikuid: Soome Vabariigi Kaitseväe Häme Rügemendi Logistikakoolis (Hämeen Rykmentin Huoltokoulu) oli koolitatud 14 logistikaohvitseri. 2005. aastaks olid nad kõik omandanud rühma- ja/või kompaniiülema kogemused.
Et tagalapataljon vastutas 2005. aastal tagalakompanii koolitamise eest, siis eeldati, et pataljon on nüüd ka suuteline korraldama nooremohvitseridest sõjaväelogistikute koolitamist. Nii võetigi 2006. aastal vastu otsus, et lõpetatakse ohvitseride koolitamine Soomes ja nooremohvitseridest sõjaväelogistikute ettevalmistamise eest hakkab edaspidi vastutama logistikakool.
Arvestades logistikakooli kasvavat tähtsust sõjaväelogistikute ettevalmistamisel, toodi 2012. aastal logistikakool logistikapataljoni koosseisust otse logistikakeskuse ülema vahetusse alluvusse.
Toetuse väejuhatuse logistikakooli ülemad läbi aegade:
- 2024–… major Marek Vainumäe
- 2021–2024 major Jaanus Jürgenstein
- 2020–2021 major Aivar Pilv (ülesannetes)
- 2017–2020 major Riho Juurik
- 2016–2017 leitnant Jaanis Einer (kohusetäitja)
- 2014–2016 kapten Magnus-Valdemar Saar
- 2012–2014 major Paul Vaha
- 2010–2012 major Marek Sügis
- 2008–2010 leitnant Olari Koppel
- 2006–2008 kapten Taivo Rõkk
- 2004–2006 kapten Jaanus Antson
- 2003–2004 leitnant Andrus Liiv
- 2003 kapten Eero Rebo