Praegu koolitab toetuse väejuhatuse logistikakool kolmel tasemel. Esiteks, tasemekoolitused noorem- ja vanemallohvitseridele ja nooremohvitseridele. Teiseks, spetsiifilised koolitused nagu näiteks rahvuslike logistiliste toetuselementide ettevalmistamine (National Support Element – NSE). Kolmandaks, erialased koolitused ehk tüübikoolitused autojuhtidele.
Vanemallohvitseride ja nooremohvitseride tasemekoolitus toimub Kaitseväe Akadeemia (KVA) baasil. Kui jalaväelaste põhioskused ja -teadmised saavad õppurid KVA-st, siis vastutus logistilise koolituse eest lasub logistikakoolil. Nooremallohvitseride koolitamine on täielikult logistikakooli pärusmaa (v.a tagalakompanii nooremallohvitserid). Logistikakeskus peab just nooremallohvitseride koolitamist oma raskuspunktiks, sest neist sõltub otseselt väeosade arusaamine sõjaväelogistikast ning sõjaväelogistika toimimine nii rahu- kui ka sõjaaja üksustes.
Spetsiifilised koolitused on otseselt seotud käimasolevate sõjaliste operatsioonide toetamisega. Esimesed sõjaväelogistikud, kes toetasid Iraagis tegutsenud Eesti üksusi, pidid endale alguses ise vajalikud koolitused otsima. Nende koolituste baasil loodi edaspidi Iraaki saadetavate sõjaväelogistikute koolitamiseks väljaõppesüsteem, mis oli kasutusel 2008. aasta lõpuni. Paralleelselt valmistati ette väljaõppesüsteemi Afganistani sõjalise operatsiooni toetamiseks. See rakendus 2006. aastal. Seega valmistas logistikakool samal ajal ette spetsialiste kahe sõjakolde tarvis.
Erialased koolitused on praegu suuremalt jaolt seotud transpordi valdkonnaga. Autojuhtide ettevalmistamine on saamas üheks olulisemaks koolitusteemaks, sest sõidukite kasutamise osakaal on Kaitseväes aasta-aastalt tõusnud. Et nõudlus autojuhtide järele on järjest suurem, alustas logistikakool koostööd Rootsi Kuningriigi relvajõudude logistikakooliga. Selle raames käisid Rootsi spetsialistid 2011. aastal koolitamas meie kooli instruktoreid. Oleme seadnud endale eesmärgiks viia lähiaastatel logistikakooli instruktorite ettevalmistuse ja teadmised sellisele tasemele, et nad suudaksid omakorda hakata koolitama sõiduinstruktoreid teistele Kaitseväe üksustele. Samas tahame luua oma kursustega eeldused, et meie ettevalmistatud sõiduinstruktoritest kasvaksid omakorda välja kompanii või koguni pataljoni tehnikud.
