21. novembril 1918. aastal määrati peastaabi ülema päevakäsuga nr 2 dr Mihkel Ostrov arstivalitsuse ülemaks. Seda päeva peetakse kaitseväe tervishoiuvalitsuse ja kogu kaitseväe sanitaarorganisatsiooni tegevuse alguseks.
Kaitseväe tervisekeskus loodi 2000. aastal kaitseväe juhataja käskkirjaga kui iseseisev keskalluvusega üksus.
Kolmest struktuuriüksusest koosnev (s.o kesklaatsaret, keskapteek ja meditsiiniväljaõppekeskus) tervisekeskus alustas oma tööd Rahumäe tee 4a asuvates ruumides.
2002. aastal viidi tervisekeskus sama aasta maikuus loodud Kaitseväe logistikakeskuse koosseisu.
2004. aastal sai tervisekeskuse väljaõppekeskus endale esimesed tööruumid ja õppeklassid sealsamas Rahumäe tee 4a asuvas üksik-vahipataljoni kasarmukompleksis.
2017. aastal kolisid tervisekeskuse meditsiiniabi osutavad allüksused Järvele, värskelt renoveeritud ajaloolise Tondi sõjaväelinnaku staabihoonesse. Meditsiini väljaõppekeskus oli juba aasta varem liikunud Rahumäelt Ämari lennubaasi, kus olid ajateenijatele väljaõppe läbiviimiseks märksa paremad tingimused.
2020. aasta jaanuaris sai tervisekeskuse allüksuseks Raplamaal Seli mõisas paiknev taastusravikeskus. 19.-20. sajandil ehitatud mõisas osutatakse taastusravi ja teostatakse füsioteraapiat nii ajateenijatele, tegevväelastele kui ka kaitseväe veteranidele.
2020. aasta juulis lõpetas Ämaris viimane meditsiini väljaõppekeskuse egiidi all läbi viidud rühmaparameedikute erialakursus. Seejärel viidi kogu meditsiinialane väljaõppetegevus – nii ajateenijate kui ka tegevväelaste osas – üle Tartusse, Kaitseväe Akadeemia alluvusse.
Tervisekeskuse ülemad:
- 2025- … major Ragnar Ilp
- 2022-2025 kolonelleitnant Anu Mill
- 2021-2022 major Ragnar Ilp
- 2020-2021 kapten Ragnar Ilp (ülema ülesannetes)
- 2019-2020 kolonelleitnant Oleg Novikov
- 2014-2019 major Lauri Bender
- 2013-2014 kolonelleitnant Hillar Tint
- 2002-2012 kolonelleitnant Merike Johanson
- 2001-2002 kapten Merike Johanson (ülema kohusetäitja)