Üksuse eelkäijaks loetakse 1. aprillist 1927 iseseisva üksusena formeeritud merejõudude baasi, millele eelnes 1919. aastal Sõjavägede ülemjuhataja kindralmajor Johan Laidoneri poolt kontradmiral Johan Pitkale antud korralduse alusel moodustatud mereväe koosseisu ja tehnilise-varustuse valitsus. Viimase hallata olid merejõudude varustuslaod, sadamatehased, töökojad ning kõik riigi laevaehituse- ja remondi ettevõtted.
29. juunil 1912 toimus Peeter Suure merekindluse Sõjasadama nurgakivi asetamise pidulik tseremoonia, kus osales tsaar Nikolai II kaaskonnaga. Siis alustati praeguse Miinisadama ehitust.
1918. aasta novembris võttis Miinisadama üle Kaitseliit, sadama esimeseks komandandiks määras Johan Pitka 2. järgu kapteni Rudolf Schilleri, kellest hiljem sai esimene mereväe ülem. Detsembrist läks sadam koos ehitistega üle merejõududele.
13. mail 1925 moodustati allüksus Miinisadama sõjalaevastiku baas ja pärast sadama süvendamist hakkasid siin baseeruma kõik merejõudude laevad.
Iseseisvate üksustena formeeriti merejõudude baas ja Sõjasadam alates 1. aprillist 1927. 24. veebruaril 1928. aastal heisati laevadele esmakordselt Eesti mereväe lipud.
1934. aastaks suudeti lõpetada kõige olulisemad tööd Sõjasadama väljaehitamisel: kaid välja ehitatud, sisse toodud aurutorustik ja veemagistraal, elekter, ehitatud kaks raudteeliini, ehitused remonditud ja sisustatud, sh laevaremonditöökoda, torpeedode ja akumulaatorite töökoda, laod, suurtüki-, miini- ja mehaanika õppeklassid, spordisaal, pesumaja.
1940. aastal koosnes merejõudude baas üld-, miini-torpeedo-, suurtüki-, tehnika- ja majandusjaoskonnast ning sõjasadamast koos abilaevastikuga. 17. juunil 1940. aastal kell 7.40 vallutas Punalipulise Balti Laevastiku valvevalitsuse koondpataljon Miinisadama ja laevastiku kasarmud Tallinnas.
31. augustil 1994 lahkus Miinisadamast viimane Vene Föderatsiooni sõjalaev ja Eesti merevägi võttis sadama täielikult üle.