Vahipataljon loodi ametlikult 9. jaanuaril 1919. a Kaitseliidu ülemäärase pataljoni baasil korra alalhoidmiseks ning vahiteenistuse kandmiseks Tallinnas, aga samuti ka matuse-, väliskülaliste vastuvõtmise ja ärasaatmise tseremooniateks. Ka Kadrioru lossi vahtkonna pani välja üksik-vahipataljon, mis oli tunduvalt suurem kui tänapäeval. Tolleaegne vahiteenistus oli erakordselt raske: ööpäevaseks toimkonnaks pidi pataljon välja panema 564 meest. Sõduritel oli 24 tundi teenistust ja 24 vaba.
1. juunil 1920 nimetati vahipataljon iseseisvaks väeosaks – Tallinna üksik-vahipataljoniks.
Sõjavägede ülemjuhataja käskkirjaga loetakse 1939. aasta 20. maist vahipataljoni aastapäevaks 11. jaanuar 1928.
Vabariigi Presidendi otsusega 19. aprillist 1940 lubati vahipataljonil vastu võtta Eesti Panga annetatud lipp ja kinnitati selle üksikasjalik kirjeldus.
Kui Nõukogude Liit 17. juunil 1940 Eesti okupeeris, oli vahipataljon sunnitud oma kasarmutest välja kolima ja augusti lõpuks formeeriti selle isikkoosseis ümber peamiselt 21. laskurpolku.
Üksik-vahipataljon taasloodi Vabariigi Valitsuse 22. jaanuari 1993 määrusega nr 20 sisekaitse valverügemendi baasil 1. veebruaril 1993. Rügement tegeles okupatsioonivägedelt üle võetud vanglates korra hoidmisega. Seoses endise Nõukogude Liidu sõjaväe viibimisega vastloodud Eesti vabariigi pinnal loodi üksik-vahipataljonis sõjaväepolitsei kiirreageerimisrühm, mille ülesanne oli toimetada korda rikkunud nii Eesti kui ka Vene sõjaväelased arestimajja.
1. mail 2003 nimetati väeosa üksik-vahipataljoni jalaväe väljaõppekeskuseks.
Alates 2009. aasta 1. jaanuarist kannab pataljon vahipataljoni nime.