Diviisi logistikapataljon loeb ennast esimese Eesti Vabariigi aegse auto-tanki rügemendi järeltulijaks.
Auto-tanki rügement, mis koondas endas tollase Eesti sõjaväe soomusautod ja kergetankid, loodi 9. aprillil 1919 soomusautode kolonnina. Selle nime all osaleti ka kaheksa soomusautoga Vabadussõjas. 1923 formeeriti väeosa ümber auto-tanki divisjoniks, 1928 auto-tanki rügemendiks. Põhitöö väeosa kaasajastamisel tegi ära kolonel Jaan Lutsar, kes oli väeosa ülem kuni 1934. aastani. Rügement asus Tallinnas, kuid selle allüksusi oli erinevatel aegadel ka Valgas, Jõhvis, Narvas, Elvas ja Tapal.
Üksuse ülemad kuni aastani 1940:
- 1919 August Nieländer
- 1919 Albert Ojasson
- 1919–1923 Hans Vanaveski
- 1923–1934 Jaan Lutsar
- 1934 Jakob Vende
- 1934–1936 Mart Tuisk
- 1936–1939 Johannes Remmel
- 1939 Jaan Pinding
- 1940 Johannes Vellerind
17. juulil 1940 okupeeris Punaarmee Eesti Vabariigi. 1. oktoobril 1940 auto-tanki rügement likvideeriti ning tehnika jaotati laiali. Punaarmee ei suutnud soomustehnika hooldamist organiseerida ning enamik sellest langes Saksa okupatsioonivägede kätte või hävis.
1992. aasta suvel hakati looma Kaitsejõudude peastaabi autokompaniid. 1997 formeeriti Kaitsejõudude peastaabi autokompanii ümber tagalapataljoniks. 2002. aastal moodustati Kaitseväe logistikakeskuse tagalapataljon, mis muudeti 2005. aastal Kaitseväe logistikakeskuse lahinguteenindustoetuse väljaõppekeskuseks. Alates 2009. aastast kannab struktuuriüksus nime logistikapataljon.
Üksuse ülemad:
- 2020–… Tambet Mäe
- 2017–2020 Argo Reidla
- 2014–2017 Andres Kraav
- 2012–2014 Ragnar Koemets
- 2012 Avo Virk
- 2010–2012 Gunnar Havi
- 2008–2010 Marek Sügis
- 2007–2008 Taivo Rõkk
- 2005–2007 Rudolf Jeeser
- 2003–2005 Argo Ristisaar
- 2002–2003 Andrus Toss
- 2001–2002 Eero Rebo
- 1999–2001 Boris Püssa
- 1995–1999 Aivar Jaeski
- 1994–1995 Alar Vihman
- 1992–1994 Arni Ilves
- 1992 Rimant Tšernauskas