Asutamine
Kuperjanovi partisanide pataljoni sünnipäev on 23. detsember 1918, mil leitnant Julius Kuperjanov oli jõudnud oma väikese, 37-mehelise salgaga Vabadussõja keerises Puurmanni mõisani ja sai tollaselt 2. diviisi ülemalt kolonel Limbergilt loa moodustada eriline partisanide salk. Maailmasõjaaegse luurekomando ülemana tundis Kuperjanov erilist huvi just partisanisõja vastu ning seoses üldise peataoleku ja korralagedusega, mis valitses 1918. aasta detsembri viimastel päevadel kogu lõunarindel, ristis oma väeosa partisanide pataljoniks ja alustas vastavalt oma salga nimetusele sissisõda punastega.
Kuperjanovi pataljoni võitlejate hulk kasvas koos väeosa populaarsusega kiiresti. Lühikese ajaga suurenes võitlejate hulk 600-ni ja pataljonist kujunes üks Vabadussõja vapramaid väeosi. Oma jõudu tunnetades vabastati Tartu ja jätkati liikumist Valga suunas, eesmärgiga ka see linn vabastada.
Jõudes 30. jaanuaril 1919 Paju mõisa alla, kohtas pataljon seal tõsist vastupanu ja oli sunnitud peatuma. Leitnant Kuperjanov ei tahtnud sellega leppida ja viis järgmisel hommikul pataljoni pealetungile. Selles lahingus saadud haavadesse suri Julius Kuperjanov 2. veebruaril 1919. aastal Tartus.
Pärast J. Kuperjanovi surma nimetas vägede ülemjuhataja kindral Laidoner pataljoni Kuperjanovi partisanide pataljoniks.
1919. aasta 25. mail, Landeswehrisõja kõige kriitilisemal hetkel, paiskas pataljon tagasi sakslaste eduka läbimurde Läti Võnnu (Cēsis) polgu positsioonidel Rauna jõel ja sellega algas Landeswehri taganemine. Pataljoni II maailmasõja eelse tegevuse lõpuks võib pidada 21. juunit 1940, mil koliti kasarmutest välja Tartus Riia tänaval paiknevatesse Õhtugümnaasiumi ruumidesse. Umbes poolteist kuud hiljem transporditi pataljon Tartust Otepää rajooni ning sealt Venemaale.
Taasasutamine
Kuperjanovi üksik-jalaväepataljon taasasutati 18.03.1992 Võrus, Meegomäel. Pataljoniülemaks määrati kapten (hilisem kindralleitnant) Johannes Kert (1959-2021), kes oli samas kohas toimunud allohvitseride kursuse ülem.
1992. aasta jõulureedel anti väeosale pidulikult üle lipp, mille kangast ehib surnupealuu selle all ristatud säärekontidega – väeosa ajalooline sümboolika.
Alates 2009. aasta 1. jaanuarist kannab pataljon Kuperjanovi jalaväepataljoni nime ning alates 2014. aastast kuulub Kuperjanovi jalaväepataljon 2. jalaväebrigaadi koosseisu ja koolitab väljaõppekeskusena brigaadile kolme jalaväepataljoni.